Не подали вовремя СП.

В 2017 году шведская компания взялась отремонтировать нам оборудование на своем заводе в Швеции за шесть недель. 15 марта была произведена оплата и в СВО, в графе 12 (ожидаемый срок), мы указали срок с небольшим запасом, а именно 4.05.2017. Срок возврата аванса + 90 дней, а именно 04.07.2017. 25 апреля, ремонт был закончен и подписан акт выполненных работ с двух сторон. С этой компанией, был ещё небольшой контракт на поставку запчастей. Дабы сократить расходы по доставке (груз крупногабаритный), мы решили дождаться изготовления запчастей (июнь) и отправить их с отремонтированным оборудованием сборным грузом. В июле шведский завод ушел всем составом в отпуск и наш заказ был отгружен лишь в начале августа. На таможне прошли процедуру реимпорта т.к. оборудование увеличило свою стоимость в результате ремонта. В начале сентября мы все получили на склад, составили СПД с указанием ГТД, отправили в банк, но получили отказ в связи с тем, что сроки в СВО истекли и необходимо сделать доп. соглашение с нерезидентом о новых сроках выполнения услуг, КСВО и отправить с новой СПД опять в банк. Мой исполнитель в то время заболел и данные действия не были выполнены. Я был в отпуске. Валютный контроль в банке этот момент тоже упустил. В настоящий момент ФНС нам предъявляет требования о не предоставлении подтверждающих документов в банк и решается вопрос о возбуждении об АП по п.6 ст.15.25. Банк советует не подавать заново СПД по этой сделке, т.к. со стороны уже ФТС может быть возбуждено АП по.6.3 ст.15.25 (нарушение сроков предоставления документов более чем на 30 дней). И будет два дела и два штрафа. Пугают ещё ст.19, но не ссылаются конкретно на подпункт. Посоветуйте, пожалуйста, какие действия нам предпринять? Подавать заново СПД с документами или нет?