Погибший брат-прапорщик похоронен вместе с отцом, но военкомат отказывается предоставить компенсацию за общий памятник - что делать?

Увы, но в военкомате правы. Памятник должен быть один на погибшего (умершего) военнослужащего. Делайте раздельные надгробия (памятники). Согласно законодательства у военкомата не будет оснований для оплаты такого памятника, т.к. в документах будет значится в надгробии еще и "гражданский" человек не имеющий право на компенсацию.