Как правильно оформить договор с сотрудником работающим на 0,5 ставки и минимизировать проблемы с налоговыми органами?

В соответствии с пунктом 3.1.1 Правил сайта, разработка правовой позиции и составление договоров являются платными услугами и оказываются посредством сервиса личных сообщений.

За полностью отработанную норму часов на полную ставку зарплата должна быть не менее МРОТ (минимального размера оплаты труда, а не прожиточного минимума). Работает на 0,5 ставки, значит за полностью отработанный месяц зарплата должна быть не менее 0,5 хМРОТ. В трудовом договоре должно быть указано, что принят на 0,5 ставки. И установить зарплату соответствующую.

Ст.129, 133 ТК РФ.

Так и составляйте. В условиях договора указывайте оплату за 0,5 ставки (ст. 57 ТК РФ допускает это). Налоговой предъявляйте этот договор. Это не является нарушением. Налоговая об этом знает.

Согласно статье 133 Трудового кодекса РФ минимальный размер оплаты труда устанавливается одновременно на всей территории Российской Федерации федеральным законом и не может быть ниже величины прожиточного минимума трудоспособного населения. Однако если он работает на полставки, то Вы не обязаны платить ему прожиточный минимум, т.к. остальные полставки он может работать в другом месте, а прожиточный минимум выплачивается как минимум за 1 ставку.

Так и указывайте в трудовом договоре, что работает он на полставки (ст.57 Трудового кодекса РФ), а его зарплата составляет половину прожиточного минимума.