Может ли работодатель отказать в учебном отпуске и заставить взять основной отпуск у военнослужащего, учащегося заочно?

Не может. Потому что это незаконно.

Здравствуйте, в том случае, если непрерывная продолжительность военной службы по контракту Вашего супруга составляет более 3 лет, то командир воинской части не вправе ему отказать в предоставлении учебного отпуска.

Однако, есть случае, когда командир воинской части в праве такой отпуск не предоставлять в связи с привлечением военнослужащего к учениям, походам кораблей и иным мероприятиям, с одновременной выдачей последнему справки с ходатайством перед учебным заведением о переносе времени прохождения им промежуточной аттестации.

Правовое обоснование: Согласно ст. 19 Федерального закона "О статусе военнослужащих" военнослужащие, проходящие военную службу по контракту (за исключением офицеров), если непрерывная продолжительность военной службы по контракту составляет не менее трех лет, имеют право в порядке, определяемом Правительством Российской Федерации, на обучение по имеющим государственную аккредитацию образовательным программам среднего профессионального образования и высшего образования, а также на подготовительных отделениях федеральных государственных образовательных организаций высшего образования за счет средств федерального бюджета с освоением образовательных программ по очно-заочной или заочной форме обучения.

Как это усматривается из 10 Правил реализации права военнослужащих, проходящих военную службу по контракту (за исключением офицеров), непрерывная продолжительность военной службы по контракту которых составляет не менее 3 лет, на обучение по имеющим государственную аккредитацию образовательным программам среднего профессионального образования и высшего образования, а также на подготовительных отделениях федеральных государственных образовательных организаций высшего образования за счет средств федерального бюджета с освоением образовательных программ по очно-заочной или заочной форме обучения, утв. постановлением Правительства РФ от 3 ноября 2014 г. N 1155, при невозможности своевременного прибытия военнослужащего для прохождения промежуточной или итоговой аттестации в связи с его участием в учениях, походах кораблей и других мероприятиях, перечень которых определяется руководителями федеральных органов исполнительной власти (федеральных государственных органов) и в которых федеральным законом предусмотрена военная служба, образовательная организация предоставляет военнослужащему возможность прохождения аттестации в другое время.

Основанием для переноса времени прохождения промежуточной или итоговой аттестации является справка, подтверждающая участие военнослужащего в указанных мероприятиях, выдаваемая командиром воинской части (военным прокурором, руководителем военного следственного органа Следственного комитета Российской Федерации), в которой военнослужащий проходит военную службу.