Переехал на УСН, поменял налоговую, но так и не переехал - возможно ли нарушение и доначисление налогов?

Чтобы доказать "фактическое место проживания" и отсутствие права на использование льготной ставки, предусмотренной субъектом Федерации по УСН (ст.346.11-346.25 НК РФ), нужны доказательства и желание налоговой что-то доказывать. Вы можете быть в разъездах по причине командировок, но это никак не отменяет того факта, что проживаете Вы все же в другом месте. Вы можете пребывать где угодно, а проживать в Санкт-Петербурге. А в РФ не прецедентная система. Так что если то или иное постановление Верховного Суда РФ не закреплено в Постановлении Пленума ВС РФ, то говорить о применимости именно к Вам таких "прецедентов" не приходится.

В соответствии с Письмом ФНС России от 28.12.2004 N 09-0-10/5147@, Действия регистрирующего (налогового) органа по прежнему месту жительства индивидуального предпринимателя.

При изменении места жительства индивидуального предпринимателя в регистрирующий (налоговый) орган по его прежнему месту жительства индивидуальным предпринимателем представляются документы в соответствии со статьей 22.2 Федерального закона от 08.08.2001 N 129-ФЗ "О государственной регистрации юридических лиц и индивидуальных предпринимателей". Регистрирующий (налоговый) орган производит государственную регистрацию в соответствии с установленным порядком.

После внесения в Единый государственный реестр индивидуальных предпринимателей (далее - ЕГРИП) изменений в сведения об индивидуальном предпринимателе в связи с изменением им места жительства регистрирующему (налоговому) органу необходимо осуществить следующее.

1.1. Сведения ЕГРИП в электронном виде в день внесения записи в ЕГРИП подлежат передаче для проведения мероприятий по снятию с учета индивидуального предпринимателя в налоговом органе по прежнему месту жительства. Следует иметь в виду, что сведения ЕГРИП передаются не только в случае, при котором новое место жительства индивидуального предпринимателя подведомственно другому регистрирующему (налоговому) органу, но и в случае, когда изменение места жительства индивидуального предпринимателя не приводит к изменению регистрирующего (налогового) органа и не требует выгрузки файла в другой регистрирующий (налоговый) орган.

Структурное подразделение, ответственное за учет налогоплательщиков, по прежнему месту жительства физического лица, зарегистрированного в качестве индивидуального предпринимателя, на основании сведений ЕГРИП, содержащих информацию об изменении данным лицом места жительства, не позднее рабочего дня, следующего за днем внесения записи в ЕГРИП, осуществляет снятие его с учета согласно пункту 3.8.1.1 Порядка.

1.2. Сведения о внесении записи в ЕГРИП об изменении места жительства должны быть направлены в составе ежедневной информации в органы государственных внебюджетных фондов, органы Федеральной службы государственной статистики в день внесения в ЕГРИП записи. Основание для направления данных сведений указано в пункте 1.2 части I настоящих рекомендаций.

1.3. После внесения в ЕГРИП записи об изменении места жительства индивидуального предпринимателя сведения ЕГРИП об индивидуальном предпринимателе по каналам связи передаются в регистрирующий (налоговый) орган по новому месту жительства индивидуального предпринимателя. При этом сведения из регистрирующего (налогового) органа по прежнему месту жительства не позднее рабочего дня, следующего за днем внесения в ЕГРИП записи об изменении места жительства индивидуального предпринимателя, передаются в вышестоящий орган - управление ФНС России по субъекту Российской Федерации, которое не позднее рабочего дня, следующего за днем получения сведений об индивидуальном предпринимателе, пересылает их в управление ФНС России по субъекту Российской Федерации, на подведомственной территории которого расположен регистрирующий (налоговый) орган по новому месту жительства индивидуального предпринимателя. Управление ФНС России по субъекту Российской Федерации в свою очередь, не позднее рабочего дня, следующего за днем получения сведений об индивидуальном предпринимателе из управления ФНС России по субъекту Российской Федерации, на подведомственной территории которого расположен регистрирующий (налоговый) орган по прежнему месту жительства индивидуального предпринимателя, пересылает их в подведомственный регистрирующий (налоговый) орган по новому месту жительства индивидуального предпринимателя.

Поэтому, при соблюдении указанных действий и постановке на учет в качстве ИП в С-П, Вы будете уплачивать налог по ставкам, установленным в С-П.