Как избежать начала процедуры регистрации права собственности на квартиру с нуля после просрочки срока подачи заявления и возможные штрафные санкции?

Не совсем понятно сформулирован вопрос. В собственность квартира передана с момента подписания договора, но право собственности подлежит государственной регистрации.

Согласно ст.1 Федерального закона от 13.07.2015 N 218-ФЗ "О государственной регистрации недвижимости":

3. Государственная регистрация прав на недвижимое имущество - юридический акт признания и подтверждения возникновения, изменения, перехода, прекращения права определенного лица на недвижимое имущество или ограничения такого права и обременения недвижимого имущества (далее - государственная регистрация прав).

4. Государственная регистрация прав осуществляется посредством внесения в Единый государственный реестр недвижимости записи о праве на недвижимое имущество, сведения о котором внесены в Единый государственный реестр недвижимости.

5. Государственная регистрация права в Едином государственном реестре недвижимости является единственным доказательством существования зарегистрированного права. Зарегистрированное в Едином государственном реестре недвижимости право на недвижимое имущество может быть оспорено только в судебном порядке.

Если договор был составлен очень давно, то в нем может быть все, что угодно, ранее договора приватизации составлялись как попало, не было четкого понимания, что такое право собственности.