Может ли работодатель оплатить открытый больничный лист после прохождения медицинской комиссии?

Непонятно сформулировано. Но больничный оплачивается всегда, если это больничный самого работника, за редким исключением.

Федеральный закон от 29.12.2006 N 255-ФЗ (ред. от 27.12.2018) "Об обязательном социальном страховании на случай временной нетрудоспособности и в связи с материнством"

Статья 6. Условия и продолжительность выплаты пособия по временной нетрудоспособности

1. Пособие по временной нетрудоспособности при утрате трудоспособности вследствие заболевания или травмы выплачивается застрахованному лицу за весь период временной нетрудоспособности до дня восстановления трудоспособности (установления инвалидности), за исключением случаев, указанных в частях 3 и 4 настоящей статьи.

3. Застрахованному лицу, признанному в установленном порядке инвалидом, пособие по временной нетрудоспособности (за исключением заболевания туберкулезом) выплачивается не более четырех месяцев подряд или пяти месяцев в календарном году. При заболевании указанных лиц туберкулезом пособие по временной нетрудоспособности выплачивается до дня восстановления трудоспособности или до дня пересмотра группы инвалидности вследствие заболевания туберкулезом.

4. Застрахованному лицу, заключившему срочный трудовой договор (срочный служебный контракт) на срок до шести месяцев, а также застрахованному лицу, у которого заболевание или травма наступили в период со дня заключения трудового договора до дня его аннулирования, пособие по временной нетрудоспособности (за исключением заболевания туберкулезом) выплачивается не более чем за 75 календарных дней по этому договору. При заболевании туберкулезом пособие по временной нетрудоспособности выплачивается до дня восстановления трудоспособности (установления инвалидности). При этом застрахованному лицу, у которого заболевание или травма наступили в период со дня заключения трудового договора до дня его аннулирования, пособие по временной нетрудоспособности выплачивается со дня, с которого работник должен был приступить к работе.