На кого ложится обязанность уплаты НДФЛ за арендодателя, если в договоре это не прописано?

Юрий, это не обязательно прописывать в договоре, т.к. это предусмотрено законом! Обязанность уплачивать НДФЛ лежит на ООО, поскольку оно является налоговым агентом в соответсвии ч.1 ст. 226 Налогового Кодекса РФ!

Статья 226. Особенности исчисления налога налоговыми агентами. Порядок и сроки уплаты налога налоговыми агентами

1. Российские организации, индивидуальные предприниматели, нотариусы, занимающиеся частной практикой, адвокаты, учредившие адвокатские кабинеты, а также обособленные подразделения иностранных организаций в Российской Федерации, от которых или в результате отношений с которыми налогоплательщик получил доходы, указанные в пункте 2 настоящей статьи, обязаны исчислить, удержать у налогоплательщика и уплатить сумму налога, исчисленную в соответствии со статьей 224 настоящего Кодекса с учетом особенностей, предусмотренных настоящей статьей. Налог с доходов адвокатов исчисляется, удерживается и уплачивается коллегиями адвокатов, адвокатскими бюро и юридическими консультациями.

(в ред. Федеральных законов от 29.12.2000 N 166-ФЗ, от 31.12.2002 N 187-ФЗ, от 27.07.2006 N 137-ФЗ, от 24.07.2007 N 216-ФЗ)

Указанные в абзаце первом настоящего пункта лица именуются в настоящей главе налоговыми агентами.