Может ли иметь ПМЖ в Швеции стать препятствием для работы в органах в РФ?

Нет, Владимир, поскольку ограничения для лиц, приобретших гражданство другого государства, предусмотрены законами "об органах". Нормы права:

Статья 3. Запрещение дискриминации в сфере труда

Каждый имеет равные возможности для реализации своих трудовых прав.

Никто не может быть ограничен в трудовых правах и свободах или получать какие-либо преимущества независимо от пола, расы, цвета кожи, национальности, языка, происхождения, имущественного, семейного, социального и должностного положения, возраста, места жительства, отношения к религии, политических убеждений, принадлежности или непринадлежности к общественным объединениям, а также от других обстоятельств, не связанных с деловыми качествами работника.

Не являются дискриминацией установление различий, исключений, предпочтений, а также ограничение прав работников, которые определяются свойственными данному виду труда требованиями, установленными федеральным законом, либо обусловлены особой заботой государства о лицах, нуждающихся в повышенной социальной и правовой защите.

Лица, считающие, что они подверглись дискриминации в сфере труда, вправе обратиться в суд с заявлением о восстановлении нарушенных прав, возмещении материального вреда и компенсации морального вреда.

(ст. 3, "Трудовой кодекс Российской Федерации" от 30.12.2001 N 197-ФЗ (ред. от 22.11.2011, с изм. от 15.12.2011))

1. Гражданин не может быть принят на гражданскую службу, а гражданский служащий не может находиться на гражданской службе в случае:

6) выхода из гражданства Российской Федерации или приобретения гражданства другого государства;

7) наличия гражданства другого государства (других государств), если иное не предусмотрено международным договором Российской Федерации;

(ст. 16, Федеральный закон от 27.07.2004 N 79-ФЗ (ред. от 21.11.2011, с изм. от 06.12.2011) "О государственной гражданской службе Российской Федерации"

Граждане Российской Федерации не могут быть приняты на службу или на работу в органы федеральной службы безопасности, а военнослужащие и гражданский персонал органов федеральной службы безопасности могут быть уволены со службы или с работы по основаниям, предусмотренным законодательством Российской Федерации, либо в случае:

а) наличия вида на жительство или иного документа, подтверждающего право на постоянное проживание на территории иностранного государства;

(ст. 16, Федеральный закон от 03.04.1995 N 40-ФЗ (ред. от 08.12.2011) "О Федеральной службе безопасности"

Сотрудником органа внешней разведки Российской Федерации может быть гражданин Российской Федерации, не имеющий гражданства (подданства) иностранного государства и способный по своим профессиональным и личным качествам, возрасту, образованию и состоянию здоровья выполнять возложенные на него обязанности.

(ст. 17, Федеральный закон от 10.01.1996 N 5-ФЗ (ред. от 08.12.2011) "О внешней разведке"

Владимир, на работу в органы Вас не примут.