И как нам подавать документы на регистрацию если во всех наших документах дом стоит как одно целое?

У нас бюджетная организация, на балансе числится жилой дом, во всех передаточных актах он стоит как жилой дом, но на кадастре он стоит как ранее учтёный, как МКД. Нам необходимо зарегистрировать право оперативного управления на дом в целом, но Росреестр говорит, что мы не можем МКД получить в оперативное управление как целый объект, необходимо регистрировать каждую квартиру. Так ли это? И как нам подавать документы на регистрацию если во всех наших документах дом стоит как одно целое? Нужно ли нам согласовывать раздел этого дома на квартиры с собственником?