Право на уменьшение налогооблагаемой базы при продаже дома и покупке квартиры - возможен взаимозачет налогов или требуется предварительная оплата?

Все свои операции с недвижимостью в разрезе налогообложения Вас следует отразить в налоговой декларации по налогу на доходы физических лиц по форме 3-НДФЛ за соответствующий налоговый период. В ней в соответствующих строках начислений Вы укажете и факт продажи недвижимости, и факт приобретения недвижимости.

Глава 23 "Налог на доходы физических лиц" не содержит запрета на указание в декларации, поданной по итогам налогового периода и налога к уплате, и налога, подлежащего вычету (к слову неважно какого вычета, вы можете указать также, например, социальный вычет на лечение или образование, помимо вычета в связи с операциями с недвижимостью).

Аналогичное разъяснение содержится к примеру в Письме Минфина России от 30 декабря 2011 № 03-04-05/1-1135.

Относительно необходимости сначала уплатить налог, а потом потребовать возврата вычета отмечу, что таковая процедура не предусмотрена. По итогам камеральной проверки вашей декларации будет либо подтверждено Ваше право на возврат части налога (в случае превышения суммы вычета над суммой, подлежащей уплате), либо будет подтверждена Ваша обязанность заплатить налог в бюджет (если вычеты будут меньше суммы налога к уплате).

Отказ в возврате налога по описанными Вами основаниям незаконен, но могут иметь место иные основания отказа - вы уже ранее получали налоговый вычет и исчерпали предельный размер вычета.