Как документально оформить эту рыночную цену, нужно ли для этого специально приглашать оценщика?

Религиозная организация вообще-то является некоммерческой. В соответствии с законом (НК РФ, ГК РФ) оформите это как пожертование и налог на прибыль платить не надо, независимо от стоимости имущества, равно как и определять в таком случае рыночную стоимость.

НК РФ.

" Статья 251. Доходы, не учитываемые при определении налоговой базы

2. При определении налоговой базы также не учитываются целевые поступления (за исключением целевых поступлений в виде подакцизных товаров и подакцизного минерального сырья). К ним относятся целевые поступления из бюджета бюджетополучателям и целевые поступления на содержание некоммерческих организаций и ведение ими уставной деятельности, поступившие безвозмездно от других организаций и (или) физических лиц, использованные указанными получателями по назначению.

К указанным целевым поступлениям на содержание некоммерческих организаций и ведение ими уставной деятельности относятся:

1) осуществленные в соответствии с законодательством о некоммерческих организациях вступительные взносы, членские взносы, целевые взносы и отчисления в публично-правовые профессиональные объединения, построенные на принципе обязательного членства, паевые вклады, а также пожертвования, признаваемые таковыми в соответствии с Гражданским кодексом Российской Федерации".

ГК РФ.

"Статья 582. Пожертвования

1. Пожертвованием признается дарение вещи или права в общеполезных целях.

Пожертвования могут делаться гражданам, лечебным, воспитательным учреждениям, учреждениям социальной защиты и другим аналогичным учреждениям, благотворительным, научным и учебным учреждениям, фондам, музеям и другим учреждениям культуры, общественным и религиозным организациям, а также государству и другим субъектам гражданского права, указанным в статье 124 настоящего Кодекса".