Возместить стоимость льготного проезда при увольнении - справедливость или нарушение прав ТК РФ?

В соответствии с ТК РФ его требования неправомерны. Имеете полное право отказать и отправить работодателя в суд. согласно ст.325 ТК РФ вы использовали право в прошлом году. Тем более использовали за двухлетний период.

ТК РФ Статья 325. Компенсация расходов на оплату стоимости проезда и провоза багажа к месту использования отпуска и обратно

(в ред. Федерального закона от 30.06.2006 N 90-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

Лица, работающие в организациях, расположенных в районах Крайнего Севера и приравненных к ним местностях, имеют право на оплату один раз в два года за счет средств работодателя стоимости проезда и провоза багажа в пределах территории Российской Федерации к месту использования отпуска и обратно. Право на компенсацию указанных расходов возникает у работника одновременно с правом на получение ежегодного оплачиваемого отпуска за первый год работы в данной организации.