Как посчитать дни просрочки по договору, если платеж должен поступить 25 числа, а поступил 28?

Тогда не будет просрочки. Просрочка начинает считаться со следующего рабочего дня следующего за последним днем исполнения обязательства.

Всё зависит от того, как указан в Договоре момент исполнения обязательств по выплатам: либо момент оплаты, либо момент поступления денег на счёт.

"Коллега" правильно сказала про первый рабочий день после последнего дня исполнения обязательства.

Значит - отсчёт идёт от дня поступления денежных средств, дальше - читайте выше.

Ну тогда арендатор нарушил свои обязательства - денежные средства должны были поступить на расчетный счет арендодателя не позднее 25 числа. Значит 26, 27, 28 - дни просрочки, но так как 26, 27 выходные дни, то нельзя их брать в расчет просрочки. По поводу 28 (день когда обязательство было исполнено, то еще раз повторюсь - практика не однозначная.

Соответственно, с 28 числа.

С понедельника т.е. с 28, поэтому максимум, что они могут посчитать - это 1 день (28 чило) но и тут можно поспорить - фактически денежные средства поступили рано утром, а значит право владеть ими и распоряжаться у арендодателя сохранилось.

ГК РФ Статья 314. Срок исполнения обязательства.

1. Если обязательство предусматривает или позволяет определить день его исполнения либо период, в течение которого оно должно быть исполнено (в том числе в случае, если этот период исчисляется с момента исполнения обязанностей другой стороной или наступления иных обстоятельств, предусмотренных законом или договором), обязательство подлежит исполнению в этот день или соответственно в любой момент в пределах такого периода.

2. В случаях, когда обязательство не предусматривает срок его исполнения и не содержит условия, позволяющие определить этот срок, а равно и в случаях, когда срок исполнения обязательства определен моментом востребования, обязательство должно быть исполнено в течение семи дней со дня предъявления кредитором требования о его исполнении, если обязанность исполнения в другой срок не предусмотрена законом, иными правовыми актами, условиями обязательства или не вытекает из обычаев либо существа обязательства. При непредъявлении кредитором в разумный срок требования об исполнении такого обязательства должник вправе потребовать от кредитора принять исполнение, если иное не предусмотрено законом, иными правовыми актами, условиями обязательства или не явствует из обычаев либо существа обязательства.