Насколько мне известно, при предъявлении встречного иска, дело начинается сначала, то есть с предварительного заседания.

Согласно ст. 132 АПК РФ,

1. Ответчик до принятия арбитражным судом первой инстанции судебного акта, которым заканчивается рассмотрение дела по существу, вправе предъявить истцу встречный иск для рассмотрения его совместно с первоначальным иском.

2. Предъявление встречного иска осуществляется по общим правилам предъявления исков.

3. Встречный иск принимается арбитражным судом в случае, если:

1) встречное требование направлено к зачету первоначального требования;

2) удовлетворение встречного иска исключает полностью или в части удовлетворение первоначального иска;

3) между встречным и первоначальным исками имеется взаимная связь и их совместное рассмотрение приведет к более быстрому и правильному рассмотрению дела.

4. Арбитражный суд возвращает встречный иск, если отсутствуют условия, предусмотренные частью 3 настоящей статьи, по правилам статьи 129 настоящего Кодекса.

5. Арбитражный суд первой инстанции, установив, что в его производстве имеется несколько дел, требования по которым отвечают условиям первоначального и встречного исков, объединяет по собственной инициативе или по ходатайству лица, участвующего в деле, эти дела в одно производство для их совместного рассмотрения по правилам, установленным статьей 130 настоящего Кодекса.

6. После принятия встречного иска рассмотрение дела производится с самого начала.

Таким образом, действительно оба иска должны быть рассмотрены с самого начала, но по правилам арбитражного суда в ряде случаев предварительное заседание "превращается" в заседание по сути. Тем не менее если иски объединены, они должны были быть рассмотрены вместе.

На данный момент, надо смотреть все материалы дела, в т.ч. судебные акты, для того чтобы посоветовать каким образом двигаться дальше.