Применим ли закон о зачете дней в СИЗО при осуждении по двум статьям, одна из которых входит в список для перезачета, а другая нет?

Да, такое возможно. Исчисление сроков в данном случае производится согласно ст. 72 УК РФ. Ему должны по одно из статей пересчитать срок.

3.1. Время содержания лица под стражей засчитывается в срок лишения свободы, за исключением случаев, предусмотренных частями третьей.2 и третьей.3 настоящей статьи, из расчета один день за:

в) два дня отбывания наказания в колонии-поселении.

Нет, не учитывается, нет перезачета.

УК РФ Статья 72. Исчисление сроков наказаний и зачет наказания

3.2. Время содержания лица под стражей засчитывается в срок лишения свободы из расчета один день за один день в отношении осужденных при особо опасном рецидиве преступлений; осужденных, которым смертная казнь в порядке помилования заменена пожизненным лишением свободы или лишением свободы на срок двадцать пять лет; осужденных за преступления, предусмотренные статьями 205 - 205.5, частями третьей и четвертой статьи 206, статьями 208, 209, частью четвертой статьи 211, частями второй и третьей статьи 228, статьями 228.1, 229, 275, 276, 361 настоящего Кодекса, и сопряженные с осуществлением террористической деятельности преступления, предусмотренные статьями 277 - 279 и 360 настоящего Кодекса.

(часть 3.2 введена Федеральным законом от 03.07.2018 N 186-ФЗ; в ред. Федерального закона от 27.12.2018 N 569-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

3.3. Время содержания лица под стражей засчитывается в срок лишения свободы из расчета один день за один день в отношении срока нахождения осужденного, отбывающего наказание в строгих условиях в воспитательной колонии или исправительной колонии общего режима, в штрафном или дисциплинарном изоляторе, помещении камерного типа либо едином помещении камерного типа, в случае применения мер взыскания к осужденному в соответствии с уголовно-исполнительным законодательством Российской Федерации.

(часть 3.3 введена Федеральным законом от 03.07.2018 N 186-ФЗ)