Как согласовать проект перепланировки и возможные основания для отказа при разделении 3-х комнатной квартиры на 4 маленькие студии?

Есть основания. И откажут.

Согласовывать по ЖК РФ, есть целый параграф.

В силу ст. 29 ЖК РФ самовольными являются переустройство и (или) перепланировка жилого помещения, проведенные при отсутствии основания, предусмотренного ч. 6 ст. 26 настоящего Кодекса, или с нарушением проекта переустройства и (или) перепланировки, представлявшегося в соответствии с п. 3 ч. 2 ст. 26 настоящего Кодекса. Самовольно переустроившее и (или) перепланировавшее жилое помещение лицо несет предусмотренную законодательством ответственность. Собственник жилого помещения, которое было самовольно переустроено и (или) перепланировано, или наниматель такого жилого помещения по договору социального найма обязан привести такое жилое помещение в прежнее состояние в разумный срок и в порядке, которые установлены органом, осуществляющим согласование.

В силу ст. 29 ЖК РФ самовольными являются переустройство и (или) перепланировка жилого помещения, проведенные при отсутствии основания, предусмотренного ч. 6 ст. 26 настоящего Кодекса, или с нарушением проекта переустройства и (или) перепланировки, представлявшегося в соответствии с п. 3 ч. 2 ст. 26 настоящего Кодекса. Самовольно переустроившее и (или) перепланировавшее жилое помещение лицо несет предусмотренную законодательством ответственность. Собственник жилого помещения, которое было самовольно переустроено и (или) перепланировано, или наниматель такого жилого помещения по договору социального найма обязан привести такое жилое помещение в прежнее состояние в разумный срок и в порядке, которые установлены органом, осуществляющим согласование.