Человек, заключивший агентский договор с ИП, будет считаться наемным работником? И надо ли за него делать налоговые отчисления?

Нет, наемный работник это тот, кто работает по трудовому договору (ст. 56 ТК РФ). Агентский договор - это гражданско-правовой договор, по нему страховые и пенсионные отчисления делать не надо.

Однако если договором ГПХ прикрываются реальные трудовые отношения,, то в случае проверки или если работник обратится в суд - они могут быть признаны таковыми по ряду критериев.

Если же физ. лицо выполняет определенную работу, за которую получает гонорар, а не два раза в месяц зарплату, если оно не подчиняется правилам внутреннего трудового распорядка, не имеет рабочего места на территории работодателя, то такие отношения нельзя назвать трудовыми. Есть и иные конечно критерии, они рассматриваются в каждом конкретном случае.

Если суд признает отношения трудовыми, то все отчисления насчитает работодателю вместе со штрафами и пенями.