Возможно ли оформить второй этаж самостоятельно, если владелец дома прописан и проживает на первом этаже?

Нет, отдельно оформить 2 этаж на маму нельзя. У Вас же не многоквартирный дом. Ваш дом находится на участке под индивидуальное жилищное строительство. Согласно ст. 42 ЗК РФ собственники земельных участков и лица, не являющиеся собственниками земельных участков, обязаны использовать земельные участки в соответствии с их целевым назначением способами.

Вы можете маме подарит долю в праве собственности и заключить соглашение об определении порядка пользования домом. Маме в пользование передать второй этаж.