Может ли это обстоятельство быть причиной невозможности выкупа земли?

Вас обманули.

Согласно п.2 ст.271 ГК РФ, при переходе права собственности на недвижимость, находящуюся на чужом земельном участке, к другому лицу оно приобретает право пользования соответствующей частью земельного участка на тех же условиях и в том же объеме, что и прежний собственник недвижимости.

Таким образом, решения чиновников о "предоставлении" вам земельного участка под зданием в бессрочное постоянное пользование не требовалось. Такое право перешло к вам в силу закона, и не требует издания чиновниками каких-либо разрешительных документов. Поэтому не было никакого смысла этот участок покупать или брать в аренду.

Следовало поставить участок на учет в земельном комитете (составить кадастровый план), после чего зарегистрировать переход права бессрочного пользования на себя.

Правда, для этого требовалось оформить гос.регистрацию такого права у прежнего владельца. Если этого не было сделано- придется обратиться в суд с иском о признании за собой права бессрочного постоянного пользования участком, занятого купленным вами зданием.

Что касается выкупа, то случаи, когда выкуп земельных учатков не допускается, установлены п.8 ст.28 Федерального закона от 21 декабря 2001 г. N 178-ФЗ "О приватизации государственного и муниципального имущества":

Отчуждению в соответствии с настоящим Федеральным законом не подлежат земельные участки в составе земель:

сельскохозяйственного назначения, лесного и водного фондов, особо охраняемых природных территорий и объектов;

зараженных опасными веществами и подвергшихся биогенному заражению;

водоохранного и санитарно-защитного назначения;

общего пользования (улицы, проезды, дороги, набережные, парки, лесопарки, скверы, сады, бульвары, водоемы, пляжи и другие);

транспорта, предназначенные для обеспечения деятельности морских и речных портов, аэропортов, а также отведенные (зарезервированные) для их перспективного развития;

предусмотренных генеральными планами развития соответствующих территорий для использования в государственных или общественных интересах, в том числе земель общего пользования;

не подлежащих отчуждению в соответствии с законодательством Российской Федерации.