Какая сумма подлежит налогообложению при закрытии ИП и продаже магазина с различными стоимостями?

Т.к. имущество использовалось в предпринимательской деятельности, срок владения не влияет. А так

В случае продажи налогоплательщиком объекта недвижимого имущества, срок владения которым на дату реализации не достиг минимального предельного срока, с полученного им дохода уплачивается НДФЛ. Чтобы определить размер дохода от продажи объекта недвижимого имущества, учитываемый в целях исчисления НДФЛ, следует сравнить две величины - сумму полученного продавцом дохода и кадастровую стоимость этого объекта по состоянию на 1 января года, в котором осуществлена государственная регистрация перехода права собственности на продаваемый объект, умноженную на понижающий коэффициент 0,7. Если доход, полученный от продажи недвижимости, будет меньше, чем произведение кадастровой стоимости этого объекта и коэффициента 0,7, то налог исчисляется из произведения кадастровой стоимости этого объекта и коэффициента 0,7 (пункт 5 статьи 217.1 НК РФ).

С 3 млн. руб.

С 667000 рублей.

П. 5 ст. 217.1. НК РФ

5. В случае, если доходы налогоплательщика от продажи объекта недвижимого имущества меньше, чем кадастровая стоимость этого объекта по состоянию на 1 января года, в котором осуществлена государственная регистрация перехода права собственности на продаваемый объект недвижимого имущества, умноженная на понижающий коэффициент 0,7, в целях налогообложения налогом доходы налогоплательщика от продажи указанного объекта принимаются равными кадастровой стоимости этого объекта по состоянию на 1 января года, в котором осуществлена государственная регистрация перехода права собственности на соответствующий объект недвижимого имущества, умноженной на понижающий коэффициент 0,7.