Отказ в признании диплома магистра из Украины в РФ - нарушение межправительственных соглашений?

У меня такой вопрос: жена - гражданка Украины и получала образование в лучшем университете страны (университет им. Т.Шевченко). Получила красный диплом в 2005 году и звание магистра. После этого закончила аспирантуру и получила степень кандидата наук. После переезда к мужу, т.е. ко мне, в РФ подали диплом о высшем образовании в ФГУП Главэкспертцентр Федеральной службы по надзору в сфере образования и науки для установления его ЭКВИВАЛЕНТНОСТИ на территории РФ. По результатам рассмотрения заявления была выдана официальная бумага, в которой признавалось её право для дальнейшего обучения вместо осуществления профессиональной деятельности. Нами было написано заявления в Федеральную службу по надзору в сфере образования и науки прокомментировать данную ситуацию, которая противоречит статье 9 Соглашению между Правительством РФ и Кабинетом Министров Украины о взаимном признании и эквивалентности документов об образовании и учёных званиях (с изменениями от 28 января 2003 года). Был получен ответ, что решение было принято согласно статье 5 Федерального закона №125 от 12.08.1996 года О высшем и послевузовском профессиональном образовании. Подскажите, пожалуйста, насколько правомерен отказ Федеральной службы в установлении эквивалентности квалификации диплома магистра в Украине диплому магистра в РФ. Как мне кажется, межправительственные соглашения имеют более высокий статус, чем федеральный закон. Спасибо за ответ!