Как оформить счет для религиозной организации без паспортов учредителей и сменить их в случае их отсутствия или смерти?

Во первых, посмотрите устав и полномочия исполнительного органа религиозгой организации. Предоставьте в банк протокол о выборе исполнительного органа и устав с его полномочиями. Этот вариант возможен если в уставе имеются такие полномочия,

во вторых, условия взаимодействия Минюста и налоговой отражены в приказе Минюста РФ от 12.11.2010 N 343 "О порядке взаимодействия Министерства юстиции Российской Федерации с Федеральной налоговой службой по вопросам государственной регистрации некоммерческих организаций" (Зарегистрировано в Минюсте РФ 21.12.2010 N 19300),

то есть Вы можете обратится в налоговую для разъяснения сложившийся ситуации. В обязанности налоговиков входит информирование, в том числе и по таким вопросам НК РФ ст.32 п.1 4) бесплатно информировать (в том числе в письменной форме) налогоплательщиков, плательщиков сборов и налоговых агентов о действующих налогах и сборах, законодательстве о налогах и сборах и о принятых в соответствии с ним нормативных правовых актах, порядке исчисления и уплаты налогов и сборов, правах и обязанностях налогоплательщиков, плательщиков сборов и налоговых агентов, полномочиях налоговых органов и их должностных лиц, а также представлять формы налоговых деклараций (расчетов) и разъяснять порядок их заполнения;

Поскольку законодательно вообще не предусмотрен каким-то образом выход или вывод учредителей в таких организациях. Возможно налоговая примет изменения в состав учредителей в связи со смертью тех, кто умер. Законом предусмотрено не менее 10 учредителей. Если их меньше, то это уже нарушение закона. Следовательно должны зарегистрировать новых. Или хотя бы дадут мотивированный отказ. А там нужно будет думать дальше...

"Гражданский кодекс Российской Федерации (часть первая)" от 30.11.1994 N 51-ФЗ (ред. от 18.07.2019)

ГК РФ Статья 123.27. Учредители и устав религиозной организации

(введена Федеральным законом от 05.05.2014 N 99-ФЗ)

1. Местная религиозная организация создается в соответствии с законом о свободе совести и о религиозных объединениях не менее чем десятью гражданами-учредителями, централизованная религиозная организация - не менее чем тремя местными религиозными организациями или другой централизованной религиозной организацией.

2. Учредительным документом религиозной организации является устав, утвержденный ее учредителями или централизованной религиозной организацией.

Устав религиозной организации должен содержать сведения о ее виде, наименовании и месте нахождения, предмете и целях ее деятельности, составе, компетенции ее органов и порядке принятия ими решений, об источниках образования ее имущества, о направлениях его использования и порядке распределения имущества, остающегося после ее ликвидации, а также иные сведения, предусмотренные законом о свободе совести и о религиозных объединениях.

3. Учредитель (учредители) религиозной организации может выполнять функции органа управления или членов коллегиального органа управления данной религиозной организации в порядке, установленном в соответствии с законом о свободе совести и о религиозных объединениях уставом религиозной организации и внутренними установлениями.