Ссылка на документ: http://www.garant.ru/hotlaw/minfin/384718/

В письме речь идет о следующем.

Вы продали квартиру и обязаны подать декларацию и имеете право заявить вычет в размере 1 000 000 руб. или расходов на покупку 2 комнатной квартиры. Таким образом, если по итогам сего действия Вы получите облагаемый доход (Цена продажи- 1 000 000 (или расходы), то Вы будете обязаны уплатить налог с этой суммы. Если разница равна нулю или отрицательная, то обязанность по уплате не возникает.

Одновременно у Вас появилось право один раз в жизни уменьшить сумму доходов за 2011 год, облагаемых по ставке 13% на сумму расходов на покупку 3 комнатной квартиры. При этом, следует учитывать, что в доходы за 2011 год могут включаться, как доходы от продажи квартиры, т.е. та часть, которая осталась после применения вычета (1 000 000 или расходов на покупку), так и иные доходы (заработная плата и прочее).

Поэтому, Вы вправе воспользоваться вычетом до 2 млн. рублей, подав заявление в 2012 году, т.е. в налоговой декларации уменьшиться общая сумма доходов за 2011 год. По итогам этих операций Вам вернут сумму переплаченного НДФЛ за 2011 год.

Поэтому, ничего нового в Письме Минфин не сказал. И ссылаться на его письмо и не следует, т.к. есть закон. Просто многие путают и выискивают взаимосвязь между двумя сделками (продал-купил), а ее нет. Тут речь идет не о взаимозачете, а праве налогоплательщика применить вычеты поименованные в п. 1 и п. 2 ст. 220 НК РФ. Если сделки в одном периоде, то у вас одновременно просто возникло право на применение двух вычетов и не более.

Эти два вычета, как нетрудно отметить, носят различный характер и порядок их применения и являются правом плательщика НДФЛ. Поэтому, говорить о каких либо взаимозачетах в данном случае некорректно. Говорить о зачете возможно только в первом случае, когда продается квартира и получается доход и это доход уменьшается на сумму расходов на её приобретение.