Имеют ли право работники ЖКХ снять счетчик на воду в частном доме если нет хозяина?

Нет, не имеют. В соответствии со ст. 210 ГК РФ, собственник несет бремя содержания принадлежащего ему имущества.

Кроме этого, вВ силу пп д) п. 34 Правил предоставления коммунальных услуг собственникам и пользователям помещений в многоквартирных домах и жилых домов" , утв. Постановлением Правительства РФ от 06.05.2011 № 354,

потребитель (коммунальных услуг) обязан обеспечивать проведение поверок установленных за счет потребителя коллективных (общедомовых), индивидуальных, общих (квартирных), комнатных приборов учета в сроки, установленные технической документацией на прибор учета, предварительно проинформировав исполнителя о планируемой дате снятия прибора учета для осуществления его поверки и дате установления прибора учета по итогам проведения его поверки, за исключением случаев, когда в договоре, содержащем положения о предоставлении коммунальных услуг, предусмотрена обязанность исполнителя осуществлять техническое обслуживание таких приборов учета, а также направлять исполнителю копию свидетельства о поверке или иного документа, удостоверяющего результаты поверки прибора учета, осуществленной в соответствии с положениями законодательства Российской Федерации об обеспечении единства измерений.

Таким образом, вы являетесь собственником прибора учета, и его снятие (замена) не может производиться без вашего согласия/присутствия.