Продал принадлежащую мне долю в ООО 50%,, покупатель перечислил мою долю на счёт ООО. Как мне забрать мои деньги?

В договоре купли-продажи доли реквизиты должны быть указаны для оплаты. Покупатель перевел деньги на ООО, впринципе это третье лицо, которое к Вашему договору никак не относиться (то же самое что мне бы перевел). покупателю возвращать нужно деньги по хорошему или через суд, потом Вам переводить. Вы так же можете по хорошему попросить или через суд, т.к. договор есть а перечисления - нет, то что на ООО деньги ушли не Ваша проблема. (по хорошему или через суд зависит от отношений между покупателем, продавцом и ООО)