Но ведь в результате получается, что суд ему давал 3 года лишения свободы, а он отсидел 3 года 5 мес (!)

Максим, по-моему, вы с вами уже обсуждали этот вопрос, только вы тогда задавали вопрос про реабилитацию.

Сейчас вы несколько прояснили ситуацию.

Видите ли, Гражданским кодексом РФ предусмотрена ответственность за вред, причиненный государственными органами, органами местного самоуправления, а также их должностными лицами (статья 1069).

Согласно этой норме закона вред, причиненный гражданину в результате незаконных действий (бездействия) государственных органов либо должностных лиц этих органов, в том числе в результате издания не соответствующего закону или иному правовому акту акта государственного органа, подлежит возмещению. Вред возмещается за счет соответственно казны Российской Федерации, казны субъекта Российской Федерации или казны муниципального образования.

Существует также ответственность за вред, причиненный незаконными действиями органов дознания, предварительного следствия, прокуратуры и суда (статья 1070)

Согласно этой статье вред, причиненный гражданину в результате незаконного осуждения, незаконного привлечения к уголовной ответственности, незаконного применения в качестве меры пресечения заключения под стражу или подписки о невыезде, незаконного привлечения к административной ответственности в виде административного ареста, возмещается за счет казны Российской Федерации в полном объеме независимо от вины должностных лиц органов дознания, предварительного следствия, прокуратуры и суда в порядке, установленном законом.

Вред, причиненный гражданину или юридическому лицу в результате незаконной деятельности органов дознания, предварительного следствия, прокуратуры, не повлекший вышеуказанных последствий возмещается по основаниям и в порядке, которые предусмотрены статьей 1069 ГК РФ.

Полагаю, что вы можете обратиться в суд с иском о возмещении вам вреда, причиненного судом в связи с вынесением неправосудного приговора.