Как зарегистрировать квартиру, купленную через нотариуса в 1999 году, без отметок БТИ и без налогов?

Здравствуйте, Наталия.

Зарегистрировать право на квартиру в данном случае можно только на основании решения суда.

Если суд признает за Вами право собственности,

то Росреестр в ЕГРН внесет запись о том, что право на квартиру возникло на основании договора купли-продажи от 1999 года и решения суда от 2019 или 2020

Проблема в том, что в соответствии с пунктом 2 статьи 8.1 ГК РФ,

права на имущество, подлежащие государственной регистрации, возникают, изменяются и прекращаются с момента внесения соответствующей записи в государственный реестр, если иное не установлено законом.

То есть, с точки зрения ФНС, право собственности у Вас возникло только в день его регистрации.

На основании пункта 17.1 статьи 217 и пункта 2 статьи 217.1 НК РФ освобождаются от налогообложения доходы, получаемые физическими лицами за соответствующий налоговый период от продажи объектов недвижимого имущества, а также долей в указанном имуществе при условии, что такой объект находился в собственности налогоплательщика в течение минимального предельного срока владения объектом недвижимого имущества и более.

Поэтому, ФНС налог будет требовать.

Удастся ли убедить ее в обратном - зависит от сложившейся в Вашей местности судебной практики.