Как решить проблему с накопившимся долгом за квартиру, выданную от детского дома и расположенную в другой области?

Если прошло 5 лет, то можете заключить договор соц. найма, приватизировать эту квартиру и продать.

См. ст. 8 Федерального закона от 21.12.1996 N 159-ФЗ (ред. от 25.12.2018) "О дополнительных гарантиях по социальной поддержке детей-сирот и детей, оставшихся без попечения родителей"

6. Срок действия договора найма специализированного жилого помещения, предоставляемого в соответствии с пунктом 1 настоящей статьи, составляет пять лет.

В случае выявления обстоятельств, свидетельствующих о необходимости оказания лицам, указанным в пункте 1 настоящей статьи, содействия в преодолении трудной жизненной ситуации, договор найма специализированного жилого помещения может быть заключен на новый пятилетний срок неоднократно по решению органа исполнительной власти субъекта Российской Федерации. Порядок выявления этих обстоятельств устанавливается законодательством субъекта Российской Федерации.

По окончании срока действия договора найма специализированного жилого помещения и при отсутствии обстоятельств, свидетельствующих о необходимости оказания лицам, указанным в пункте 1 настоящей статьи, содействия в преодолении трудной жизненной ситуации, орган исполнительной власти субъекта Российской Федерации, осуществляющий управление государственным жилищным фондом, обязан принять решение об исключении жилого помещения из специализированного жилищного фонда и заключить с лицами, указанными в пункте 1 настоящей статьи, договор социального найма в отношении этого жилого помещения в порядке, установленном законодательством субъекта Российской Федерации.