Можно ли сдавать в аренду комнаты в гостинице без регистрации гостей в ФМС?

Точнее Вы не можете сдавать в аренду помещения нелегальным мигрантам.

Вопрос получения легального статуса в ФМС зона ответственности мигранта.

КоАП РФ Статья 18.9. Нарушение правил пребывания в Российской Федерации иностранных граждан и лиц без гражданства

3. Предоставление жилого помещения или транспортного средства либо оказание иных услуг иностранному гражданину или лицу без гражданства, находящимся в Российской Федерации с нарушением установленного порядка или правил транзитного проезда через ее территорию, -

влечет наложение административного штрафа на граждан в размере от двух тысяч до пяти тысяч рублей; на должностных лиц - от тридцати пяти тысяч до пятидесяти тысяч рублей; на юридических лиц - от четырехсот тысяч до пятисот тысяч рублей.

В данном случае, Вам необходимо прописывать в договоре право субаренды ООО, а также использование помещения в соответствии с целевым его назначением. Оформление документов в данном случае ляжет на ООО. Посмотрите Постановление Правительства РФ от 09.10.2015 N 1085 (ред. от 18.07.2019) "Об утверждении Правил предоставления гостиничных услуг в Российской Федерации", может Вы найдете ответ на свой вопрос. Если у Вас не зарегистрировано в качестве гостиницы, может Вам стоит рассмотреть вопрос сдачи помещений третьего этажа в аренду ООО? А ООО будет это помещение использовать в соответствии с целевым его назначением. Возможно и иным образом оформить Ваши отношения, без оформления деятельности гостиницы.

В аренду сдавать комнаты юридическому лицу. Я ИП сдаю комнату ООО а ООО заселяет своих сотрудников.