Если квартира находилась в собственности пенсионера менее 5 лет (в некоторых случаях - менее 3 лет), то он обязан уплатить налог на доходы физических лиц. При этом он вправе воспользоваться имущественным налоговым вычетом - на свой выбор - или в размере до 1 млн. руб, или в размере своих расходов на приобретение продаваемой квартиры. Ему необходимо подать налоговую декларацию, чтобы воспользоваться вычетами.

То, что продавец - пенсионер и получает средства маткапитала в счёт оплаты продаваемой недвижимости, никакого значения для налогообложения его доходов не имеет.

Статья 217.1 НК РФ. Особенности освобождения от налогообложения доходов от продажи объектов недвижимого имущества

3. В целях настоящей статьи минимальный предельный срок владения объектом недвижимого имущества составляет три года для объектов недвижимого имущества, в отношении которых соблюдается хотя бы одно из следующих условий:

1) право собственности на объект недвижимого имущества получено налогоплательщиком в порядке наследования или по договору дарения от физического лица, признаваемого членом семьи и (или) близким родственником этого налогоплательщика в соответствии с Семейным кодексом Российской Федерации;

2) право собственности на объект недвижимого имущества получено налогоплательщиком в результате приватизации;

3) право собственности на объект недвижимого имущества получено налогоплательщиком - плательщиком ренты в результате передачи имущества по договору пожизненного содержания с иждивением;

4) в собственности налогоплательщика (включая совместную собственность супругов) на дату государственной регистрации перехода права собственности от налогоплательщика к покупателю на проданный объект недвижимого имущества в виде комнаты, квартиры, жилого дома, части квартиры, части жилого дома (далее в настоящем подпункте - жилое помещение) или доли в праве собственности на жилое помещение не находится иного жилого помещения (доли в праве собственности на жилое помещение).

При этом в целях настоящего подпункта не учитывается жилое помещение (доля в праве собственности на жилое помещение), приобретенное (приобретенная) в собственность налогоплательщика и (или) его супруга (супруги) в течение 90 календарных дней до даты государственной регистрации перехода права собственности на проданное жилое помещение (проданную долю в праве собственности на жилое помещение) от налогоплательщика к покупателю.

При соблюдении установленных настоящим подпунктом условий в отношении жилого помещения (доли в праве собственности на жилое помещение) положения настоящего пункта распространяются на земельный участок, на котором расположено такое жилое помещение (долю в праве собственности на земельный участок, связанную с долей в праве собственности на такое жилое помещение), и расположенные на указанном земельном участке хозяйственные строения и (или) сооружения.

(пп. 4 введен Федеральным законом от 26.07.2019 N 210-ФЗ)

4. В случаях, не указанных в пункте 3 настоящей статьи, минимальный предельный срок владения объектом недвижимого имущества составляет пять лет.