Вопрос такой: Какой основной документ, подтверждающий право пользования муниципальной квартирой по Договору социального найма?

Здравствуйте! "Выписать", то есть снять с регистрационного учёта по месту жительства можно только через суд, а иск в суд подает собственник данного жилого помещения.

Если он ваш родственник и если позволяет площадь.

Временное отсутствие нанимателя жилого помещения по договору социального найма, кого-либо из проживающих совместно с ним членов его семьи или всех этих граждан не влечет за собой изменение их прав и обязанностей по договору социального найма. (ст. 71 ЖК РФ)

Если в муниципальной квартире человек отсутствует постоянно, обязанностей не выполняет, то можно попробовать выписать его в судебном порядке при наличии на то оснований.

Для этого надо составить исковое заявление, подать его в суд, ходить на судебные заседания, доказывать свою позицию. Но такие дела очень сложные и неоднозначные, много отказов в исках, поэтому лучше всего решать этот вопрос с помощью специалиста.

Вы можете обратиться к одному из ответивших Вам юристов.

Остерегайтесь навязчивых звонков неустановленных лиц с настойчивыми приглашениями на якобы "бесплатные консультации юристов". Ничего бесплатного там нет, кроме озвучивания завышенных цен, и, скорее всего, юристов на этих "консультациях" Вы тоже не увидите

Нет, не можете, раз прописали, значит уже он наниматель/член семьи нанимателя/бывший член, который имеет все права по ЖК РФ.

Можете теперь отказываться вносить или не отказываться в договор, это уже значения не имеет.

Тут единственно вариант, если он не въехал в квартиру фактически, можно поставить вопрос перед судом о признании его не приобретшим права проживания...

На этом основании не выселить. Только если он не живёт в квартире. Он может просить включить его в соцнайм. Выписать можно только если он не будет здесь фактически проживать.