Работодатель не платил налоги и не выплачивалась зарплата. Из документов подтверждающих только трудовая.

Если в трудовой книжке имеется запись работодателя, то это подтверждает наличие трудовых отношений. К этому, факт вашей работы может быть смогут подтвердить бывшие коллеги. Иски по вопросам трудовых отношений рассматриваются районными судами. Вы можете обратиться в трудовую инспекцию, либо сразу в суд. Но очень важно, что в соответствии со ст.392 ТК РФ, по вопросу установления трудовых отношений и взыскания заработной платы и иных социальных выплат и обязательных платежей, вы вправе обратиться в суд лишь в течении трех месяцев с момента нарушения вашего права или с момента как вы узнали о нарушении вашего права. Если вы обратитесь в трудовую инспекцию, то срок для обращения в суд не приостанавливается, а продолжает течь и вы его можете пропустить.