Организация пытается доказать, что не отправляла уведомление о взаимозачете, а получившая сторона не получила его

Дмитрий, так предъявите суду письмо от той стороны, которое было "про цветы"

Вы не докажете недоказуемое, если не получили отправление.

Надо получать почту. Кроме того, какая на данный момент разница, зачет производится даже по заявлению одной из сторон по делу.

Нравится Вам это или нет. Согласитесь с зачетом, не стоит занимать заведомо проигрышную позицию.