Как сформировать справку для курьера без трудового договора в режиме самоизоляции?

Никак, он у вас не работает)).

Проверят, что нет трудовых отношений-вам штраф и ему штраф.

Заключаете договор оказания им вам услуг, указываете, что он обязан это делать на своем авто, указываете график его работы и т.д.