Отказ в выдаче материнского капитала при погашении ипотеки на новостройке - как быть в сложной ситуации?

Что-то тут не так. Федеральный материнский капитал можно использовать в любое время. Надо обжаловать отказ в суде или написать в прокуратуру.

Вот видимо из-за перечисления денег возник вопрос у ПФР, т.к. в ДДУ получатель денег указан застройщик, а не Сбербанк.

Согласно п. 6.1 ст. 7 Закона о дополнительных мерах поддержки семей, имеющих детей

Заявление о распоряжении может быть подано в любое время со дня рождения (усыновления) ребенка, в связи с рождением (усыновлением) которого возникло право на дополнительные меры государственной поддержки, в случае необходимости использования средств (части средств) материнского (семейного) капитала на уплату первоначального взноса и (или) погашение основного долга и уплату процентов по кредитам или займам на приобретение (строительство) жилого помещения, включая ипотечные кредиты, предоставленным гражданам по кредитному договору (договору займа), заключенному с организацией, в том числе кредитной организацией, на приобретение товаров и услуг, предназначенных для социальной адаптации и интеграции в общество детей-инвалидов, на оплату платных образовательных услуг по реализации образовательных программ дошкольного образования, на оплату иных связанных с получением дошкольного образования расходов, а также на получение ежемесячной выплаты в порядке и на условиях, которые предусмотрены Федеральным законом от 28 декабря 2017 года N 418-ФЗ "О ежемесячных выплатах семьям, имеющим детей".

Получается, что отказали неправомерно. Решение об отказе вам можно обжаловать.