Недопустимость протокола медэкспертизы - возможно ли прекращение дела?

Нет, не прекратят.

"Уголовно-процессуальный кодекс Российской Федерации" от 18.12.2001 N 174-ФЗ (ред. от 24.04.2020)

УПК РФ Статья 170. Участие понятых

1. В случаях, предусмотренных статьей 182, частью третьей.1 статьи 183, статьями 184 и 193 настоящего Кодекса, следственные действия производятся с участием не менее двух понятых, которые вызываются для удостоверения факта производства следственного действия, его хода и результатов, за исключением случаев, предусмотренных частью третьей настоящей статьи.

(в ред. Федеральных законов от 04.07.2003 N 92-ФЗ, от 04.03.2013 N 23-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

1.1. В случаях, предусмотренных статьями 115, 177, 178, 181, статьей 183 (за исключением случаев, предусмотренных частью третьей.1), частью пятой статьи 185, частью седьмой статьи 186 и статьей 194 настоящего Кодекса, понятые принимают участие в следственных действиях по усмотрению следователя. Если в указанных случаях по решению следователя понятые в следственных действиях не участвуют, то применение технических средств фиксации хода и результатов следственного действия является обязательным. Если в ходе следственного действия применение технических средств невозможно, то следователь делает в протоколе соответствующую запись.

(часть 1.1 введена Федеральным законом от 04.03.2013 N 23-ФЗ)

2. В остальных случаях следственные действия производятся без участия понятых, если следователь по ходатайству участников уголовного судопроизводства или по собственной инициативе не примет иное решение.

3. В труднодоступной местности, при отсутствии надлежащих средств сообщения, а также в случаях, если производство следственного действия связано с опасностью для жизни и здоровья людей, следственные действия, предусмотренные частью первой настоящей статьи, могут производиться без участия понятых, о чем в протоколе следственного действия делается соответствующая запись. В случае производства следственного действия без участия понятых применяются технические средства фиксации его хода и результатов. Если в ходе следственного действия применение технических средств невозможно, то следователь делает в протоколе соответствующую запись.

4. В случае участия понятых следователь перед началом следственного действия в соответствии с частью пятой статьи 164 настоящего Кодекса разъясняет понятым цель следственного действия, их права и ответственность, предусмотренные статьей 60 настоящего Кодекса.