Какие из них платит фирма за сотрудника, какие он сам?

Выплачивая арендную плату арендодателю (сотруднику - физическому лицу), организация выступает в роли налогового агента и должна удержать налог на доходы физических лиц (ст.226 НК РФ). Налог удерживается по ставке 13% при выплате дохода в виде арендной платы (п.1 ст.224, п.4 ст.226 НК РФ). Выступая налоговым агентом, организация на арендодателя (физическое лицо) заводит Налоговую карточку по учету доходов и налога на доходы физических лиц (форма N 1-НДФЛ) и представляет в налоговый орган сведения о полученных доходах (форма N 2-НДФЛ) в порядке, установленном ст.230 НК РФ.

В случае, если организация несет расходы в процессе эксплуатации арендованного автомобиля в собственных интересах, а также во исполнение предусмотренной ч.1 ст.622 ГК РФ обязанности арендатора вернуть арендованное имущество в том состоянии, в каком он его получил (расходы по ремонту, страховка), такие расходы не признаются доходами физического лица - арендодателя. Поэтому сумма соответствующих затрат организации - арендатора на содержание и эксплуатацию арендованного автомобиля не включается в налогооблагаемый доход гражданина - арендодателя.

В случае, если сотрудник (арендодатель) зарегистрирован в качестве ПБОЮЛ он исчисляет и уплачивает налог на доходы самостоятельно в установленном порядке.