Как объяснить суду апелляционной инстанции, что решение №1 не было в силе на момент принятия решения №2 в гражданском деле?

Тимофей, так и ссылайтесь на недопустимость ссылки суда на установленные обстоятельства другим судом изложенные в решении не вступившего в законную силу.

В данном случае если речь идет о решениях суда в которых участвовали одни и те же лица по тем же основаниям одно из которых вступило в законную силу то на языке ГПК это называется перюдиция и обстоятельства вступившего в законную силу решения суда не требуют доказательств по другому рассматриваемому судом делу ст. 61 ГПК РФ. Если на момент рассмотрения дела другое решение не вступило в законную силу, но суд его обстоятельства изложил в своем решении, а на момент подачи апелляционной жалобы данное решение уже вступило в законную силу, то в этом случае Вы вправе заявить ходатайство в суде апелляционной инстанции о приобщении копии вступившего в законную силу решения суда в качестве доказательств. Уточнять обстоятельство того, что одно из решений суда на момент рассмотрения судом обжалуемого решения не вступило в законную силу излишне так как суд апелляционной инстанции и так видит обстоятельства этого решения, которые указал суд в другом своем решении.

Нет не нужно если его обстоятельства отражены судом в его другом решении. Лю этом Вы можете указать в судоговорении апелляционной инстанции.