У них был сын (мой отец), который не был прописан в этой квартире, но постоянно проживал.

Согласно ст.1153 Гражданского кодекса РФ признается, пока не доказано иное, что наследник принял наследство, если он совершил действия, свидетельствующие о фактическом принятии наследства, в частности если наследник:

вступил во владение или в управление наследственным имуществом;

принял меры по сохранению наследственного имущества, защите его от посягательств или притязаний третьих лиц;

произвел за свой счет расходы на содержание наследственного имущества;

оплатил за свой счет долги наследодателя или получил от третьих лиц причитавшиеся наследодателю денежные средства.

Так что вам нужно обратиться в суд с заявлением о признании факта принятия наследства вашим отцом. Если факт будет установлен - подавайте иск о признании сделки недействительной и включении квартиры в наследственную массу. С уважением,