Вопрос по НДФЛ и налоговому вычету при продаже магазина в Крыму.

Нужно платить.

Налоговый вычет в 1 млн нельзя использовать

имущественный налоговый вычет предоставляется:

в размере доходов, полученных налогоплательщиком в налоговом периоде от продажи жилых домов, квартир, комнат, включая приватизированные жилые помещения, садовых домов или земельных участков или доли (долей) в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика менее минимального предельного срока владения объектом недвижимого имущества, установленного в соответствии со статьей 217.1 настоящего Кодекса, не превышающем в целом 1 000 000 рублей;

в размере доходов, полученных налогоплательщиком в налоговом периоде от продажи иного недвижимого имущества, находившегося в собственности налогоплательщика менее минимального предельного срока владения объектом недвижимого имущества, установленного в соответствии со статьей 217.1 настоящего Кодекса, не превышающем в целом 250 000 рублей;

А потому минус 250 тыс только

Но, Если иное не установлено настоящей статьей, доходы, получаемые налогоплательщиком от продажи объекта недвижимого имущества, освобождаются от налогообложения при условии, что такой объект находился в собственности налогоплательщика в течение минимального предельного срока владения объектом недвижимого имущества и более.

В случаях, не указанных в пункте 3 настоящей статьи, минимальный предельный срок владения объектом недвижимого имущества составляет пять лет.

У Вас 5 лет истекло. Платить ничего не нужно.