Как решить проблему недостачи в продовольственном магазине и какие действия могут быть применены к работникам?

Можете.

Согласно ч. 1 ст. 160 УК РФ Присвоение или растрата, то есть хищение чужого имущества, вверенного виновному, наказываются штрафом в размере до ста двадцати тысяч рублей или в размере заработной платы или иного дохода осужденного за период до одного года, либо обязательными работами на срок до двухсот сорока часов, либо исправительными работами на срок до шести месяцев, либо ограничением свободы на срок до двух лет, либо принудительными работами на срок до двух лет, либо лишением свободы на тот же срок.

Согласно ч. 3 ст 20 УПК РФ Уголовные дела частно-публичного обвинения возбуждаются не иначе как по заявлению потерпевшего или его законного представителя, но прекращению в связи с примирением потерпевшего с обвиняемым не подлежат. К уголовным делам частно-публичного обвинения относятся уголовные дела о преступлениях, предусмотренных статьями 116, 131 частью первой, 132 частью первой, 137 частью первой, 138 частью первой, 139 частью первой, 144.1, 145, 146 частью первой, 147 частью первой, 159 частями пятой - седьмой Уголовного кодекса Российской Федерации, а также уголовные дела о преступлениях, предусмотренных статьями 159 частями первой - четвертой, 159.1 - 159.3, 159.5, 159.6, 160, 165, 176 частью первой, 177, 180, 185.1, 201 частью первой Уголовного кодекса Российской Федерации, если они совершены индивидуальным предпринимателем в связи с осуществлением им предпринимательской деятельности и (или) управлением принадлежащим ему имуществом, используемым в целях предпринимательской деятельности, либо если эти преступления совершены членом органа управления коммерческой организации в связи с осуществлением им полномочий по управлению организацией либо в связи с осуществлением коммерческой организацией предпринимательской или иной экономической деятельности. К уголовным делам частно-публичного обвинения не могут быть отнесены уголовные дела о преступлениях, предусмотренных статьями 159 - 159.3, 159.5, 159.6, 160, 165, 176 частью первой, 177, 180, 185.1, 201 частью первой Уголовного кодекса Российской Федерации, в случаях, если преступлением причинен вред интересам государственного или муниципального унитарного предприятия, государственной корпорации, государственной компании, коммерческой организации с участием в уставном (складочном) капитале (паевом фонде) государства или муниципального образования либо если предметом преступления явилось государственное или муниципальное имущество.

Согласно ст. 23 УПК РФ Если деяние, предусмотренное главой 23 Уголовного кодекса Российской Федерации, причинило вред интересам исключительно коммерческой или иной организации, не являющейся государственным или муниципальным предприятием либо организацией с участием в уставном (складочном) капитале (паевом фонде) государства или муниципального образования, и не причинило вреда интересам других организаций, а также интересам граждан, общества или государства, то уголовное дело возбуждается по заявлению руководителя данной организации или с его согласия. Причинение вреда интересам организации с участием в уставном (складочном) капитале (паевом фонде) государства или муниципального образования одновременно влечет за собой причинение вреда интересам государства или муниципального образования.

Таким образом, написав заявление о преступлении на 2, на остальных дело не возбудят.