Проблемы с регистрацией в ФНС - почему новый режим самозанятого привел к доплатам

Это не особенности мышления бюрократов, а требования закона.

Именно законом предусмотрена ваша обязанность в течение месяца после регистрации плательщиком НПД сняться с учета в качестве ИП (ч. 4 ст. 15 Федерального закона от 27.11.2018 № 422-ФЗ).

А пунктом 5 того же закона предусмотрено, что если вы этого не сделаете, ваша регистрация в качестве плательщика НПД аннулируется, причем не на будущее время, а с момента регистрации.

Автоматической снятие с регистрации в качестве ИП законом не предусмотрено. Как раз наоборот, предусмотрено прямо противоположное последствие: сохранение статуса ИП, и снятие статуса плательщика НПД.

Также закон не обязывает предупреждать или информировать вас о последствиях ваших ложных представлений, и о необходимости прекращать статус ИП для сохранения новой регистрации.

Федеральный закон от 27.11.2018 N 422-ФЗ (ред. от 08.06.2020) "О проведении эксперимента по установлению специального налогового режима "Налог на профессиональный доход"

Статья 15. Особенности применения отдельных налогов, страховых взносов и специальных налоговых режимов при проведении эксперимента

3. Индивидуальные предприниматели, применяющие упрощенную систему налогообложения, систему налогообложения для сельскохозяйственных товаропроизводителей (единый сельскохозяйственный налог), систему налогообложения в виде единого налога на вмененный доход для отдельных видов деятельности, при условии соблюдения требований к налогоплательщикам вправе отказаться от их применения и перейти на специальный налоговый режим в соответствии с настоящим Федеральным законом.

4. Физическое лицо обязано в течение одного месяца со дня постановки на учет в качестве налогоплательщика направить в налоговый орган по месту жительства (по месту ведения предпринимательской деятельности) уведомление о прекращении применения упрощенной системы налогообложения, системы налогообложения для сельскохозяйственных товаропроизводителей (единого сельскохозяйственного налога), системы налогообложения в виде единого налога на вмененный доход для отдельных видов деятельности. В этом случае налогоплательщик считается прекратившим применение упрощенной системы налогообложения, системы налогообложения для сельскохозяйственных товаропроизводителей (единого сельскохозяйственного налога) или подлежит снятию с учета в качестве налогоплательщика единого налога на вмененный доход со дня постановки на учет в качестве налогоплательщика.

5. В случае направления уведомления, указанного в части 4 настоящей статьи, с нарушением установленного срока или ненаправления такого уведомления постановка данного лица на учет в качестве налогоплательщика аннулируется.