Что произойдет с военной ипотекой и квартирой при увольнении за несоблюдение контракта со 12 летней выслугой?

Вы обязаны вернуть государству денежные средства реализованные в рамках НИС (ст. 15 ФЗ "О НИС'), а также погасить перед банком остаток долга по кредиту: сумму основного долга и проценты, гасить задолженность согласно графика.

То что вместо Вас по кредиту заплатила Росвоенипотека Вы должны вернуть государству, по кредиту расчет перед банком производится согласно графика платежей, изучите кредитный договор.

Да, их надо вернуть государству, я об этом неоднократно писал выше

См.

Статья 15. Особенности погашения целевого жилищного займа

1. Погашение целевого жилищного займа осуществляется уполномоченным федеральным органом при возникновении у получившего целевой жилищный заем участника накопительно-ипотечной системы оснований, указанных в статье 10 настоящего Федерального закона, а также в случаях, указанных в статье 12 настоящего Федерального закона.

2. При досрочном увольнении участников накопительно-ипотечной системы с военной службы, если у них не возникли основания, предусмотренные пунктами 1, 2 и 4 статьи 10 настоящего Федерального закона, участники накопительно-ипотечной системы обязаны возвратить выплаченные уполномоченным федеральным органом суммы по договору целевого жилищного займа ежемесячными платежами в срок, не превышающий десяти лет. При этом в случае увольнения участников накопительно-ипотечной системы с военной службы по основаниям, предусмотренным подпунктами "д" - "з", "л" и "м" пункта 1, подпунктами "в" - "е.2" и "з" - "л" пункта 2 статьи 51 Федерального закона от 28 марта 1998 года N 53-ФЗ "О воинской обязанности и военной службе", начиная со дня увольнения по целевому жилищному займу начисляются проценты по ставке, установленной договором целевого жилищного займа. Суммы начисленных процентов участники накопительно-ипотечной системы обязаны уплатить в уполномоченный федеральный орган в виде ежемесячных платежей в срок, не превышающий десяти лет. Процентный доход по целевому жилищному займу является доходом от инвестирования. Проценты начисляются на сумму остатка задолженности по целевому жилищному займу.

3. Целевой жилищный заем может погашаться досрочно. При продолжении прохождения участником накопительно-ипотечной системы военной службы по контракту после погашения целевого жилищного займа начисления на именной накопительный счет участника производятся на общих основаниях.