Отказ в выплате субсидии из-за непереведенной квитанции на нового владельца квартиры - имеет ли право организация на такой шаг?

Да имеют, согласно постановлению правительства 761

а) сведения о документах, подтверждающих правовые основания владения и пользования заявителем жилым помещением, в котором он зарегистрирован по месту постоянного жительства, - в случае, если заявитель является нанимателем жилого помещения по договору найма в частном жилищном фонде, членом жилищного, жилищно-строительного кооператива или иного специализированного потребительского кооператива. Заявитель, проходящий военную службу по контракту, зарегистрированный по месту жительства по адресу воинской части, но проживающий ввиду отсутствия служебных жилых помещений в жилых помещениях на условиях заключенного договора найма (поднайма), прилагает к заявлению о предоставлении субсидии копию договора найма (поднайма) в частном жилищном фонде и справку из воинской части об отсутствии возможности предоставления служебного жилого помещения;

(в ред. Постановления Правительства РФ от 02.04.2020 N 420)

(см. текст в предыдущей редакции)

б) документы или их копии, содержащие сведения о платежах за жилое помещение и коммунальные услуги, начисленных за последний перед подачей заявления о предоставлении субсидии месяц, и о наличии (об отсутствии) задолженности по оплате жилого помещения и коммунальных услуг. Если заявитель указал в заявлении о предоставлении субсидии в качестве членов своей семьи не всех граждан, зарегистрированных совместно с ним по месту его постоянного жительства, он обязан представить документы, подтверждающие размер вносимой ими платы за содержание и ремонт жилого помещения и коммунальные услуги;

(в ред. Постановления Правительства РФ от 30.07.2014 N 734)

(см. текст в предыдущей редакции)

в) сведения, подтверждающие право заявителя и (или) членов его семьи на льготы, меры социальной поддержки и компенсации по оплате жилого помещения и коммунальных услуг в случае невозможности их получения в рамках системы межведомственного электронного взаимодействия;

(пп. "в" в ред. Постановления Правительства РФ от 02.04.2020 N 420)

Капремонт является коммунальной услугой сведения по о которой должны быть переданы наравне со всеми квитанциями.