Правомерно ли представитель ответчика подписывать документы на процессуальный характер? Будут ли они учитываться в суде?

1. В силу статьи 53 ГК РФ и устава организации, документы должен подписывать ее руководитель. Если уставом либо доверенностью предусмотрено право подписи иных лиц (включая заместителя) - тогда вправе подписывать и заместитель. Поэтому - смотрите в первую очередь устав организации, при необходимости - иные документы, и делайте выводы.

2. Согласно пункту 2 статьи 48 ГПК РФ, дела организаций ведут в суде их органы, действующие в пределах полномочий, предоставленных им федеральным законом, иными правовыми актами или учредительными документами, либо представители. Полномочия представителя, в силу пунктов 1 и 3 статьи 53 ГПК РФ, подтверждаются доверенностью за подписью ее руководителя или иного уполномоченного на это ее учредительными документами лица, скрепленной печатью этой организации (при наличии печати). С учётом указанных норм в совокупности со статьей 55 ГПК РФ, объяснения представителя ответчика считаются объяснениями (и правовой позицией) самой организации-ответчика. Поэтому все слова представителя ответчика будут (и должны) восприниматься именно как правовая позиция ответчика по конкретному делу. Оценка такой позиции, в совокупности с иными доказательствами по делу, будет дана судом при вынесении итогового решения по делу.