Может ли ИФНС удержать у налогоплательщика пеню из суммы транспортного налога

В связи с изменением юридического адреса 20 марта 2012 г. нашу организацию сняли с учета в ИФНС № 1 и поставили на учет в ИФНС № 2 г.Рязани . В сентябре 2011 г. наша организация перечислила авансом сумму транспортного налога за 2011 год в сумме 5444 руб.30 января 2012 г. сдана в ИФНС декларация по транспортному налогу.Исчисленная сумма налога за год стояла 5444 руб в стр.030,сумма авансовых платежей в строке 040 -5444 руб.В 050 стр. сумма,подлежащая уплате в бюджет я не поставила ничего. С ИФНС № 1 попросили переделать декларацию и поставить в строке 040- 0,а встроке 050 -5444 руб.Я сдала уточненную декларацию в ИФНС № 1 12.04.2012 г(организация уже была снята с учета в ИФНС № 1).С налоговой 20 .04.2012 г. пришло тебование об уплате транспортного налога за 2011 г. в сумме 102,05 руб. Я стала выяснять,откуда взялась недоимка.Оказывается ,ИФНС за какой то рериод насчитали нам пени по транспортному налогу в сумме 102,05 руб . и вытащили эту сумму из суммы налога (5444 руб.),не уведомив организацию. я не оплатила 102,05 руб,т.к. сумму транспортного налога перечислила полностью (5444 руб.) 31 мая ИФНС списала с нашего р/счета 102,05 руб.(как недоимку по транспортному налогу).Затем прислали акт камеральной проверки от 31.05.12.с требованием привлечь нашу организацию к налоговой ответственности и насчитали еще штраф 20,41 руб с недоимки 102,05(созданой самой налоговой).Я как главный бухгалтер была спокойна,так как налог в сумме 5444 руб за 2011 год перечислила еще в сентябре 2011 г. Имеет ли право ИФНС № 1,которая сняла нас 20 марта с учета принимать уточненную декларацию 12 апреля 2012 г.,вытаскивать из суммы авансового налога за 2011 г. пеню ,начислять штраф , передавать в ИФНС № 2 пени за 2005 г.,которые с нас нужно взыскать.(пени небольшие). Спасибо заранее.С уважением главный бухгалтер Овчинникова О.В.