Организация подает иск о взыскании задолженности по договору поставки - выбор между процентами за пользование денежными средствами и пенями указанными в договоре.

У вас договорная неустойка установлена договором. Если вы хотите взыскивать по день исполнения решения суда, пишите в просительной части правило определения суммы, а если хотите взыскать фиксированную сумму - пишите ее. При просрочке в 100 дней у вас максимальная неустойка. Пользование чужими денежными средствами это когда вам их не возвращают - не исполняют денежное обязательство.

Как сказано в ГК:

В случаях неправомерного удержания денежных средств, уклонения от их возврата, иной просрочки в их уплате подлежат уплате проценты на сумму долга. Размер процентов определяется ключевой ставкой Банка России, действовавшей в соответствующие периоды. Эти правила применяются, если иной размер процентов не установлен законом или договором.

Логично будет просить неустойку и проценты...

По статье 395 ГК РФ есть Пленум ВС РФ № 13 и Пленум ВАС РФ № 14 в своем Постановлении от 8 октября 1998 года «О практике применения положений Гражданского кодекса Российской Федерации о процентах за пользование чужими денежными средствами (далее – Постановление № 13/14).

В пункте 1 вышеуказанного Постановления закреплено, что обязанность уплаты процентов, установленная статьей 395 ГК РФ, является самостоятельным видом гражданско-правовой ответственности, установленным за неисполнение именно денежных обязательств.

Еще один бесплатный совет: если при подаче иска возникают такие вопросы - поищите юриста для представительства ваших интересов в суде