Нужно ли указывать отчество в дипломе с большой буквы, если в паспорте написано так же?

Вам правильно указали в дипломе, так как указано в паспорте, написали бы по другому, пришлось бы менять диплом, так как он не соответствует тому, что написано в основном документе-паспорте.

Описание

Документы

Основание

Удостоверение личности гражданина РФ на территории РФ (в пределах РФ)

Паспорт гражданина РФ;

паспорт гражданина СССР (действителен до замены его в установленные сроки на паспорта гражданина РФ)

Указ Президента РФ от 13.03.1997 N 232;

Постановление Правительства РФ от 08.07.1997 N 828

Здесь и далее под паспортом гражданина РФ понимается паспорт гражданина Российской Федерации, являющийся основным документом, удостоверяющим личность гражданина Российской Федерации на территории Российской Федерации.

Здесь и далее под загранпаспортом гражданина РФ понимается паспорт гражданина Российской Федерации, являющийся одним из основных документов, удостоверяющих личность гражданина Российской Федерации за пределами Российской Федерации.

Удостоверение личности иностранного гражданина в РФ

Паспорт иностранного гражданина;

иной документ, установленный федеральным законом или признаваемый в соответствии с международным договором РФ в качестве документа, удостоверяющего личность иностранного гражданина

Федеральный закон от 25.07.2002 N 115-ФЗ.