Может ли магазин отказать в ремонте телефона по гарантии если в комплекте нет оригинальной зарядки.

Нет конечно. Телефоны в гарантийный ремонт принимают без зарядного устройства.

Требования потебителя подлежат удовлетворению в одном из следующих случаев: обнаружение существенного недостатка товара; нарушение установленных ФЗ сроков устранения недостатков товара; невозможность использования товара в течение каждого года гарантийного срока в совокупности более чем тридцать дней вследствие неоднократного устранения его различных недостатков.

В соответствии с ч. 6 ст. 5 ФЗ изготовитель вправе устанавливать на товар гарантийный срок - период, в течение которого в случае обнаружения в товаре недостатка продавец обязан удовлетворить требования потребителя.

В соот с абз. 2 ч. 6 ст. 18 ФЗ в отношении товара, на который установлен гарантийный срок, продавец отвечает за недостатки товара, если не докажет, что они возникли после передачи товара потребителю вследствие нарушения потребителем правил использования, хранения или транспортировки товара, действий третьих лиц или непреодолимой силы.

Продавец обязан принять товар ненадлежащего качества у потребителя и в случае необходимости провести проверку качества товара. Потребитель вправе участвовать в проверке качества товара.

В п. 28 названного выше постановления Пленума Верховного Суда Российской Федерации указано, что при разрешении требований потребителей необходимо учитывать, что бремя доказывания обстоятельств, освобождающих от ответственности за неисполнение либо ненадлежащее исполнение обязательства, в том числе и за причинение вреда, лежит на продавце (п. 4 ст. 13, п. 5 ст. 14, п. 5 ст. 231, п. 6 ст. 28 Закона о защите прав потребителей, ст. 1098 ГК РФ).

Рекомендую написать претензию!

А с каким это законом это связано.